В то время, как человечество сидит с кошками на коленях у камина, накрывшись пледом, и играет на лужайках перед своим домом с собаками, те, как выясняется, уже давно ведут между собой самую настоящую войну за мировое господство. Причем, в то время как кошки стремятся управлять планетой сами, собаки лишь мечтают, чтобы никто не трогал их хозяев, для чего строят огромные секретные военные комплексы, где тренируют агентов, напичканных последними достижениями компьютерных технологий. Фильм начинается, когда пропадает пес, живущий в семье эксцентричного профессора (Голдблум), изобретаюшего сыворотку против аллергии на собак. Кошкам не очень нравится такое направление развития науки, и они собираются выкрасть эту бесценную формулу, чтобы использовать ее в своих целях. И когда на место пропавшего пса профессор берет дворняжку Лу, тому придется резко мобилизировать все свои внутренние резервы, чтобы защитить своих новых хозяев и спасти мир от кошачьей угрозы.

    "Кошки и собаки" рассказывают о высокотехнологической секретной войне, распространившейся повсюду, хотя люди знают только о вечной борьбе между двумя великими армиями Кошек и Собак. Так вот, Кошки хотят уничтожать новую вакцину, которая, если её доработают до конца, уничтожила бы все аллергии человека на Собак. Ну а Собаки, конечно же, пытаются остановить выполнение коварного плана Кошек.